Da sempre le linee ferroviarie usate dai pendolari sono quelle che hanno i maggiori disagi. Dopo la riforma del Trasporto pubblico locale, inoltre, ci si interroga sul futuro di alcune linee regionali. Come ad esempio la Empoli-Siena. I Comitati dei Pendolari di Arezzo e della Valdichiana, il 1 agosto 2012, sono stati convocati per un’audizione dalla Settima Commissione consiliare permanente “Mobilità e infrastrutture” del Consiglio regionale della Toscana. La Commissione è incaricata di svolgere un'indagine conoscitiva sul Trasporto pubblico locale (Tpl) in Toscana con particolare riferimento al trasporto ferroviario di interesse regionale e locale. L'incontro con i Comitati dei pendolari ha come obiettivo l'analisi e la verifica del contratto di servizio Regione-Trenitalia attualmente in essere che scade nel 2014 ed eventuali inadempienze da parte di Trenitalia, viste le molteplici criticità registrate e denunciate alla Regione e ai media anche dai Comitati. L'audizione è anche utile per formulare proposte utili a migliorare il contratto di servizio attuale e suggerire proposte, modifiche e integrazioni per il futuro. Per quanto riguarda che ne sarà di alcune linee lo chiedono in un'interrogazione i consiglieri del Pdl Filippo Ciampolini e Piergiuseppe Massai.
"Quale futuro in vista della riforma del trasporto pubblico locale su gomma?" In particolare viene chiesto al presidente della giunta: "se, nell’ambito della riforma del TPL promossa dalla Regione Toscana, per la quale sono stati stanziati oltre 245 milioni di €uro prevedendo una forte integrazione ferro-gomma, è inserita per la linea ferroviaria Empoli- Siena, con riguardo ai soli locali, la sostituzione del treno con il pullman, visto l’acquisto di 1.000 nuovi bus e la realizzazione del solo biglietto a tariffa integrata per autobus, tram e treni, oltre ai frequenti e “quasi giornalieri” episodi riguardo la soppressione dei treni locali Empoli-Siena sostituiti con autobus di proprietà di Trenitalia, tanto da far sospettare la possibile sostituzione dei treni locali con il trasporto su gomma; - Nel caso di una eventuale previsione della sostituzione dei treni locali Empoli-Siena con l’autobus, si chiede di valutare la possibilità del mantenimento del treno locale in oggetto, essendo questo il mezzo di trasporto meno inquinante, più comodo, più sicuro e più economico rispetto al mezzo su gomma".