La Procura della Repubblica di Firenze ha iscritto sul registro degli indagati, con l'ipotesi di reato di omicidio colposo, due medici dell'ospedale di Empoli. Per indagare sulla morte di Matteo Di Stefano, avvenuta dopo 12 giorni dall'intervento i carabinieri si sono recati all'ospedale, sequestrando le cartelle cliniche. L'intervento chirurgico, datato 10 gennaio, per calcoli alla colecisti il San Giuseppe, non è tanto al centro dell'inchiesta quanto il decorso post-operatorio. Secondo quanto spiegato dai figli di Di Stefano, il padre è stato in preda ai dolori circa 36 ore dopo l'intervento di colecistectomia, in attesa che i medici del reparto decidessero il da farsi.
Nel caso di una probabile infezione per lesione durante l'intervento, un tempo imperdonabilmente lungo, che potrebbe essere all'origine del decesso. I Consiglieri regionali PdL Nicola Nascosti, Vice Presidente della Commissione attività Produttive, e Stefano Mugnai, Vice Presidente della Commissione Sanità, hanno presentato una interrogazione urgente affinchè anche l’Assemblea regionale sia accuratamente informata sull’accaduto: "Riteniamo che la morte del Signor Di Stefano - hanno detto i due esponenti del PdL - debba essere chiarita sotto tutti i punti di vista e che nei necessari accertamenti del caso debba essere investita in prima persona l'Assemblea Regionale ed il lavoro della Commissione Sanità".
Nell'interrogazione si chiede alla Giunta regionale un resoconto puntuale delle dinamiche che hanno determinato il decesso dell'uomo in base ai riscontri dell'inchiesta interna promossa dall’Asl, l’immediata audizione in Commissione del Direttore sanitario della Asl 11 e quali iniziative l'Ente intende intraprendere per favorire la massima trasparenza, alla luce anche dell'inchiesta aperta dalla magistratura e dell'esame predisposto dalla Commissione superiore del Servizio sanitario nazionale.