Recenti notizie di stampa riportano di una proposta di protocollo di intesa tra gli Atenei di Firenze, Siena e Pisa e la Regione Toscana, fondato sulla trasformazione delle tre Università in fondazioni, sull'ingresso della Regione in tali fondazioni e sull’introduzione di meccanismi di "governo" che permettano alla Regione di assumere un ruolo importante sulle scelte programmatiche dell'università oltre che sulla correttezza della gestione finanziaria. Inoltre, già nel dicembre 2008, era stata data notizia che il Presidente della Regione stesse vagliando l'ipotesi di un protocollo di intesa nell’ottica su menzionata..
Per ora è arrivata una smentita solo dal Rettore di Pisa, su un quotidiano del 20 gennaio scorso. Se le notizie rispondono al vero, il ventilato protocollo stravolgerebbe l'impianto istituzionale dell'Ateneo, contro il sentire diffuso della maggioranza dei docenti e dei ricercatori.
L'USPUR (Sindacato dei professori universitari di ruolo) ritiene che tali modificazioni non possano e non debbano in alcun modo essere gestite all'interno di una ristretta cerchia di decisori che questo mandato mai hanno avuto da coloro che essi rappresentano.
Ritiene che non si possa cercare la scappatoia della Fondazione, per di più scon regole ancora da definire, per incidere sui meccanismi di governo dell'Università; questi debbono si essere profondamente rivisti perché, come è evidente a chiunque, hanno fallito il loro obiettivo portando alcune Università a situazioni finanziarie insostenibili; ma ciò non può avvenire con una procedura affrettata e confusa bensì dopo un serio studio e una meditata progettazione da parte sia del corpo docente sia del legislatore.
