Nel gennaio 1991 la Regione Toscana, governata da una coalizione di sinistra sotto la presidenza di Marco Marcucci, sembra raggiungere un compromesso tra le due amministrazioni. Costituendo l'asse viario Firenze-Prato un limite fisico, la pista potra crescere al massimo di 250 metri.Il 24 febbraio i giornali pubblicano un appello di intellettuali contro l'espansione aeroportuale: tra i firmatari padre Ernesto Balducci, Bernardo Bertolucci, Roberto Benigni, Dacia Maraini, Giulietta Masina, Arnaldo Pomodoro, Enzo Siciliano, Lina Wertm?ller.
Pochi giorni dopo il Congresso regionale del PDS approva una mozione contraria al potenziamento del Vespucci. Ma 16 settembre il gruppo del PDS in Consiglio comunale si spacca: Alberto Brasca vota a favore dell'accordo di programma regionale, Fabrizio Bartaloni e Giorgio Van Straten si astengono, gli altri si oppongono.A fine anno il Vespucci ha totalizzato 250.000 passeggeri: e il terzo scalo italiano per numero di voli. E la corsa non frena neanche nel 1992. Da novembre si annnovera anche un volo per Londra e l'aeroporto raggiunge cosi i 300.000 passeggeri.
Ma a fine anno il governo presieduto dal socialista Giuliano Amato blocca tutti gli investimenti e tra essi anche gli stanziamenti per il Vespucci.Tra il 1993 e il '94 i passeggeri passano da 500.000 a 650.000. Nel febbraio 1995 il Sindaco Giorgio Morales inaugura la nuova aerostazione e il parcheggio. I passeggeri saranno 700.000 nel '95, e se ne prevedono 850.000 nel '96 e 1.000.000 nel '97.Dopo le amministrative del marzo 1995 e la nuova Giunta di centrosinistra, guidata da Mario Primicerio, a portare a termine l'allungamento della pista nel giugno 1996.
Grazie al Decreto legge di finanziamento dell'Eurovertice fiorentino, gli aerei possono finalmente atterrare a pieno carico.