Nel 1991 il procuratore della Repubblica di Palmi, Agostino Cordova, dispone una nuova perquisizione a villa Vanda, facendo sequestrare dalla Polizia agende e fascicoli. Cordova sta indagando sul riciclaggio mafioso di denaro sporco. alla fine dell'anno anche il sostituto procuratore della Repubblica di Arezzo, Elio Amato, invia un avviso di garanzia a Gelli per mancato dispetto delle norme bancarie anti-riciclaggio. Nell'aprile 1992 Gelli viene condannato dal Tribunale di Milano a 18 anni e sei mesi per la bancarotta fraudolenta del Banco Ambrosiano.Il 17 aprile 1993, anche a seguito delle continue inchieste giudiziarie sulle molte logge coperte italiane, il Gran Maestro Giuliano Di Bernardo rassegna le dimissioni dal Grande Oriente e fonda con circa 80 venerabili, e il sostegno della Gran Loggia d'Inghilterra, la Gran Loggia regolare d'Italia.
Raccoglie solo 2.000 adesioni, ma da questo momento il resto della massoneria italiana e da considerarsi irregolare.Attualmente Licio Gelli vive sotto sorveglianza nella sua villa di Arezzo, che custodisce anche il suo enorme archivio, un tempo sequestrato, ma poi restituitogli. Il suo patrimonio viene stimato in centinaia di miliardi di lire.
