Nel dicembre '87 la corte d'Assise di Firenze ha condannato Gelli a otto anni di carcere per aver finanziato un gruppo di terroristi le cui attivita includevano attentati alle linee ferroviarie toscane tra il '73 e il '75. Ma nell'ottobre del '90 la Cassazione stabilira che Gelli non puo essere processato perche la Svizzera non ha concesso l'estradizione per questi reati.L'11 luglio 1988 al processo per la strage della stazione di Bologna (del 2 agosto '80) Gelli viene condannato a dieci anni per calunnia aggravata, per aver depistato le indagini, ma il 18 luglio 1990 viene assolto in appello.
Nel corso dell'istruttoria i magistrati avevano raccolto la testimonianza delle segretarie di Gelli secondo le quali, negli anni settanta, il Maestro venerabile aveva rapporti anche con il presidente della FIAT, Gianni Agnelli.L'8 novembre 1990 il Gran maestro della Serenissima loggia d'Italia, dipendente dalla massoneria di Piazza del Gesu, dichiara di riconoscere la regolarita e la carica del Maestro venerabile della Loggia Propaganda 2.
