È una delle più celebri collezioni archeologiche italiane e si distingue in particolare per le sezioni etrusca ed egizia, quest’ultima seconda in Italia soltanto a quella del Museo Egizio di Torino. La Storia: il museo fu aperto nel 1888 trasferendo nel Palazzo della Crocetta, residenza medicea del XVII secolo, opere etrusche e greco-romane raccolte dai Medici e dai Lorena e esposte in precedenza nella Galleria degli Uffizi. Nella stessa sede vennero poi trasferite e riordinate le collezioni egizie frutto della spedizione franco-toscana in Egitto del 1828. Le Collezioni: la sezione egizia, con la quale si apre l’itinerario, ospita reperti che illustrano lo sviluppo della civiltà egizia dalla Preistoria all’epoca Copta con notevoli raccolte di stele, vasi amuleti, bronzetti e tessuti. Il nucleo di opere etrusche comprende una vasta collezione di urne cinerarie, sarcofagi e sculture in pietra e bronzo, bronzetti, utensili domestici e ceramiche. Il settore greco-romano include sculture in marmo e bronzo e una vasta raccolta di ceramica dipinta greca.
Recentemente è stata allestita una sezione di oreficeria e glittica etrusco-romana. Le Opere di rilievo: - Tra i numerosi oggetti egizi importanti si segnalano alcune statue dell’epoca di Amenofi III, il carro da battaglia della XVIII dinastia, il pilastro proveniente dalla tomba di Seti I, il calice in faïence a bocca quadrata, il ritratto di donna del Fayum, la collezione di stoffe di epoca Copta. - Tra le opere etrusche si distinguono tre celebri grandi bronzi, la Chimera d’Arezzo, l’Arringatore e la Minerva, e alcune famose sculture funerarie: la Mater Matuta in pietra fetida, il sarcofago di Larthia Seianthi in terracotta, il sarcofago delle Amazzoni in marmo dipinto. - Di epoca greco-romana sono, in bronzo la celeberrima Testa di cavallo appartenuta a Lorenzo Il Magnifico e l’Idolino di Pesaro, in marmo l’Apollo e l’Apollino Milani.
- Vero gioiello del Museo è il cratere attico a figure nere di VI secolo a.C. Detto "Vaso François".