L'esperienza governativa, che ha al suo attivo la nazionalizzazione dell'industria elettrica e la riforma della scuolamedia, si conclude nel maggio 1963, in occasione delle elezioni politiche, con un risultato negativo per la DC.L'opinione comune nel partito e che sia colpa di Fanfani, che ha scatenato il furore della destra e degli ambientiindustriali col suo programma riformatore. Moro regala a Fanfani, per la Pasqua 1963, le Memorie di Napoleone aSant'Elena, e Fanfani risponde in un infuriato biglietto: "E' questa la fine che mi augurate?".
Nelle elezioni presidenziali del 1964Fanfani potrebbe contare su un inusitato appoggio da parte della sinistra comunista di Ingrao e dei socialisti, manon viene eletto, su pressione della destra democristiana e del Vaticano. L'Osservatore romano lancia un invitoall'unita dei cattolici e monsignor Dell'Acqua e monsignor Macchi incontrano Fanfani per convincerlo a ritirarsi. Poil'Osservatore romano pubblica un attacco personale a Fanfani, che viene avvicinato anche da monsignor FrancoCosta. Quando pero Fanfani recede dalla sfida, i suoi fedeli non votano per il candidato ufficiale, Leone, e in settevotano addirittura per il senatore Ludovico Montini, fratello di Paolo VI, in segno di protesta per le pressioni dellaSanta Sede.
