Nel gennaio 1959, a causa di un insieme di controversie religiose, economiche e di partito, il governo vienebattuto dal voto di franchi tiratori democristiani e socialdemocratici. Ambienti cattolico-conservatori attaccano ilgoverno per non aver saputo difendere gli interessi della Chiesa cattolica. Si vorrebbe che la Poliziaperseguisse le piccole sette evangeliche, che stanno facendo proseliti. Il Vaticano, nel marzo 1958, scomunica igiudici del Tribunale di Firenze che hanno condannato il vescovo di Prato per aver pubblicamente offeso duegiovani della sua diocesi, rei di essersi sposati solo con cerimonia civile.
E proprio nel gennaio 1959, un giornoprima delle dimissioni del Presidente del Consiglio, il giornale dell'Azione cattolica, Il Quotidiano, definisce ifanfaniani "immaturi moschettieri della Direzione nazionale della DC che osano prendere le parti di chi massacra la Chiesa", cioe i socialisti. Tra iproblemi economici c'e l'alto prezzo del grano italiano, che incide sulle condizioni di vita delle classi piu poveree sullo sviluppo del paese. Fanfani intende ridurne il prezzo, ma trova l'opposizione della Coldiretti di PaoloBonomi.
Il governo americano poi teme che Fanfani possa destabilizzare gli equilibri internazionali con unapolitica estera autonoma. Nel 1958 il New York Times accusa il governo italiano di volersi accattivare lesimpatie socialiste e dei paesi arabi con le manovre dell'ENI sul mercato petrolifero internazionale. Matteistipula accordi vantaggiosi per i fornitori arabi con la formula del 75% contro il 25% degli utili, eversiva deltradizionale fifty-fifty praticato dalle multinazionali.