Il 5 novembre '63 Gelli e entrato nella massoneria, divenendo apprendista della Loggia Domenico Romagnosi del Grande Oriente d'Italia. E' passato poi alla Loggia Hod per volonta dell'avvocato romano Roberto Ascarelli, numero due di palazzo Giustiniani.Il 28 novembre '66 il Gran maestro Giordano Gamberini ha trasferito Gelli alla Loggia coperta Propaganda 2. La Loggia ha sede a Roma al numero 9 di via Condotti, sopra la gioielleria di Giovanni Bulgari. L'incarico e di "ambasciatore di pace" tra le diverse logge, ma da quel momento l'operato della P2 degenera rispetto alla regola massonica.Com'e possibile che la democratica massoneria italiana di origine carbonara abbia accolto un ex repubblichino? In Toscana la tradizione massonica risale al settecento e, insieme alla Sicilia, vi e la maggiore concentrazione di logge.
Ma la storia della massoneria conosce esperienze assai contraddittorie. In contrasto con l'aspirazione egualitaria, illuministica e liberale, vive in essa un'anima aristocratica e reazionaria alimentata dalla dottrina dell'occulto, coltivata nel tempo dagli ordini cavallereschi. La massoneria subisce tendenze irrazionalistiche ed e centro di potere dominato da gruppi conservatori.